Según Amnistía Internacional en su Informe de 1996, la situación de muchos saharauis en Marruecos o en el Sáhara Occidental es, en algunos casos, una situación de violación de los Derechos Humanos.
Numerosas personas han sido detenidas después de participar en manifestaciones y reuniones pacíficas en las que se pedía la independencia del Sáhara Occidental. Además, diversos informes d’Amnistia Internacional denuncian la desaparición de un número todavía no determinado tanto de saharauis como de marroquíes después de ser arrestados y que aún hoy están ilocalizables.
En el Informe de Amnistía Internacional de 1996 se llama la atención sobre las vulneraciones de los derechos humanos en el Sáhara Occidental; se resaltan las vulneraciones de derechos humanos cometidas por las fuerzas de seguridad marroquíes en el Sahara, a pesar de la presencia desde 1991 de los observadores de la MINURSO (de hecho las 
salvaguardas de los Derechos Humanos contenidas en la MINURSO no se respetan), y también de los abusos cometidos por el Frente Polisario en los campamentos de refugiados de Tinduf. Este documento denuncia la existencia de detenciones secretas como un comportamiento rutinario y extendido de la policía marroquí en el Sáhara Occidental, y las denuncias por tortura y maltratos no son investigadas en ningún caso.
En muchos casos, según las versiones de los desaparecidos liberados, los detenidos se trasladaban a los centros secretos de detenidos donde la tortura y los malos tratos eran cuotidianos, especialmente durante los interrogatorios. Existen alegaciones según las cuales algunos de los desaparecidos han sido ejecutados extrajudicialmente poco después de su arresto y otros han muerto después de las detenciones secretas.
Respecto a la familia, los familiares de los desaparecidos no se pueden dirigir a ninguna instancia para saber la situación de los suyos. A causa de la sensibilidad política que el tema del Sáhara provoca, la situación de los saharauis desaparecidos no es un tema muy tratado en Marruecos ya que las personas que pueden denunciar estos casos temen por su seguridad.
Respecto al papel de la MINURSO en la protección de los Derechos Humanos las previsiones que se hacían no han sido implementadas, de hecho el informe de AI indica que “se ha fallado asegurando la protección de la mayoría de los derechos humanos básicos”.
La situación durante los años 90 (especialmente entre los años 1994 y 1998) parece haberse suavizado por parte del gobierno marroquí en términos de respeto por los Derechos Humanos pero todavía se producen violaciones de estos derechos, sobre todo en el Sáhara occidental.
Los saharauis son objeto de severas restricciones de libertad de movimiento, incluidos los arrestos domiciliarios y confinamientos.
La libertad de movimiento está restringida en el Sáhara sobre todo en las áreas militarmente sensibles. Las fuerzas de seguridad preguntan y detienen arbitrariamente a los viajeros.
El gobierno marroquí paga un 85% más del salario a los trabajadores que van al Sáhara occidental para inducir a los marroquíes a afincarse en el territorio.
Respecto a los desaparecidos saharauis se ha creado la Asociación de las Familias de los Prisioneros y Desaparecidos Saharauis (AFAPREDESA).